На дворе 2009 год. Мир по прежнему живет под страхом от имени Киры. Множество влиятельный и крупных организаций, таких как ЦРУ и ФБР, были призваны на помощь. Правительства всех стран рвут на себе волосы, не имея ни малейшего представления с какой стороны подобраться к этому неуловимому преступнику. К тому же, как всем известно, умер единственный человек, который ближе всего подобрался к разгадке этого запутанного происшествия. Знаменитый L сошел со сцены, но действительно ли погиб? на этот вопрос еще только предстоит получить ответ.
Ягами Лайт, довольный таким развитием событий, готовится к исполнению всех своих планов и полной свободе действий, но не тут то было. Он теряет тетрадь смерти, которая случайно выпадает у него прямо в университете. Эта тетрадь попадет в руки преподавателю психологии. Человеку, который сгибается под гнетом повседневных проблем, уставшему от повседневной серости жизни и своего места в этом обществе. Весьма прозаично, не правда ли?... Однако, Лайту так не кажется. Потеряв тетрадь, он теряет и память о ней, но спасает его только Миса, у которой тетрадь все еще осталась. Теперь им придется действовать вместе, но Ягами полон решимости вернуть утраченное.
Тем временем Ниар, возглавляющий СПК, все еще ставит своей главной целью поимку Киры. Единственная проблема заключается в том, что он даже не подозревает, что ловить теперь придется уже далеко не двух человек. Продолжая строить свои догадки, в один прекрасный день он получает анонимное письмо с весьма ценными размышлениями по делу. Между ним и тайным помощником завязывается переписка, но тот не спешит открывать свое имя. Однако, разгадка дела принимает с его помощью совсем другой оборот и дело идет быстрее.
Тем временем еще одна тетрадь падает в мир людей. Одинокая богиня смерти, заскучавшая в загробном мире, решает немного поразвлечься, выбрав своей целью удивительно опасный объект. Таким образом, можно сделать вывод, что в мире людей благополучно расположились три тетради: одна в руках псевдо-добра,  другая - в руках ничего не подозревающего жителя Токио, и третья, наконец, становится центром криминального мира.
Но действительно ли все так?... Снова тот же вопрос: действительно ли?... В этой жизни ни в чем нельзя быть уверенным.